El origen de BAM fue la Escuela de Magisterio «Nuestra Señora de Begoña» fundada en 1948. En 1978 se transformó Escuela Universitaria al adscribirse a la Universidad de Bilbao (actualmente UPV/EHU). Bajo la titularidad de la Diócesis de Bilbao estuvo ubicada en el edificio del Seminario de Derio desde 1973 hasta 1993, lo que dio lugar a que fuera popularmente conocida como la «Escuela de Derio». En el curso 1993-1994, se trasladó a la calle Barraincúa de Bilbao. En este momento su sede provisional se encuentra en el Seminario de Derio, hasta finalizar las obras del nuevo edificio en Bilbao Desde el curso 2009-2010, con la implantación de los nuevos grados, está adscrita a la Universidad de Deusto.