O Colégio Cônego Francisco Pereira foi fundado em 15 de outubro do ano de 1983 pelo casal Cincinato e Cesarina, educadores por vocação. O casal nomeou o colégio através da escolha do patrono, Padre Pereira, pároco de Messejana que possuía o título honorífico de Cônego por seu reconhecimento, dedicação e serviços prestados ao reino de Deus.